U okviru ovog razdela se nalazi oko 1500 vrsta, ali se pretpostavlja da ih ima više od milion. To su jednoćelijski organizmi koji produkuju spore. Žive kao intercelularni paraziti životinja. Većina do sada poznatih vrsta parazitira zglavkare, ali se pretpostavlja da parazitiraju na predstavnicima svih većih grupa životinja. Mnoge vrste imaju svoje specifične domaćine, pa bi se predstavnici razdela Microsporidia mogli koristiti za biološku borbu protiv štetnih insekata i krpelja. Forma tela im je najčešće nepravilna, a spore su im loptaste sa spiralno uvijenom niti unutar omotača. U unutrašnjosti spora se nalazi i jednojedarni ili dvojedarni ameboidni začetak i polaroplast od kojeg polaze niti. Spore se obrazuju od jedne ćelije. Razdeo Microsporidia se deli na dve klase:
1. Klasa Dihaplophasea
2. Klasa Haplophasea
