Najznačajnija razlika između nukleotida prokariotske ćelije i jedra eukariotske ćelije je nepostojanje jedrovog ovoja oko dela protoplasta u kome se nalazi nasledni materijal (DNK). Pored toga, u toku deobe bakterijske ćelije ne dolazi do formiranja deobnog vretena. Zbog ovih specifičnosti deo protoplasta bakterija koji funkcionalno odgovara jedru eukariotske ćelije se naziva nukleoid. U najvećem broju slučajeva nukleoid zauzima oko 20% zapremine bakterijske ćelije. Nukleoid bakterija predstavlja jedan cirkularni, dvolančani molekul DNK koji je povezan sa citoplazmatičnom membranom. On je dug oko jedan milimetar, a sastavljen je prosečno od oko 2000 gena. Molekul DNK ne stupa u vezu sa histonima zbog toga što se oni ne nalaze u ćeliji bakterija. Međutim, i molekul DNK u bakterijskoj ćeliji podleže složenim agregacijama. On formira kompaktniji molekul koji se naziva superzavojnica. Zahvaljujući ovoj pojavi molekul DNK, koji na primer kod vrste Escherichia coli sadrži 4,7 miliona baznih parova i ima dužinu 1 milimetar, bude smešten u ćeliju čije se dimenzije kreći između 2 i 3 mikrometra. Obično se ova struktura nazivabakterijski hromozom. Pošto se u jednoj ćeliji obično nalazi samo jedan ovakav molekul kaže se da je bakterijska ćelija haploidna. Međutim, u protoplastu bakterija koje aktivno rastu i koje se brzo dele moguće je zapaziti dva ili čak četiri bakterijska hromozoma. Razlog za to je formiranje naslednog materijala za buduće kćerke ćelije. To se događa kada se jedan proces replikacije još ne završi, a sledeći već otpočinje. Bakterijski hromozom predstavlja jedan haploidni hromozom koji se autonomno replikuje, pa se zbog toga označava i kao hromozomski replikon. Pojedine vrste bakterija, kao što je Borrelia burgdorferi, poseduju linearan, a ne cikličan hromozom.
