Karakteristike: Arhea su prokariotski organizmi koji imaju osnovne citološke karakteristike kao i bakterije. Velike razlike između ova dva domena živih bića se ispoljavaju tek na molekularnom nivou. Razlike su naročito izražene na nivou ribozomske RNK. Fenotipske razlike se pre svega ogledaju u biohemijskom sastavu ćelijskog zida i citoplazmatične membrane, kao i nekim enzimima koji učestvuju u procesima transkripcije i translacije. Specifičnost građe ćelijske membrane ovih organizama se ogleda u tome što se umesto masnih kiselina javljaju izoprenoidna jedinjenja - skvalen, geranilgeraniol i ß-karoten. Oni su sa glicerolom povezani etarskom, a ne estarskom vezom i na taj način formiraju dietre i tetraetre. Kod hipertermofilnih arhea naspramni hidrofobni ostaci tetraetara se međusobno povezuju kovalentnom vezom, formirajući membranu koja je jednoslojna. Ćelije pojedinih arhea luče ekstracelularno proteine ili glikoproteine. Ova jedinjenja se udružuju u planarne kristalne strukture koje čine S-omotač na površini ćelije. Ovaj omotač je debljine između 5 i 25 nanometara i ima izgled mozaika koga čine identične subjedinice. Subjedinice S omotača su pravilnog oblika koji je najčešće kvadratan ili heksagonalan i povezju se nekovalentnim vezama tako da formiraju pore. Raspored pora se periodično ponavlja, a pore mogu da čine i do 70% površine omotača. Kod arhea koje poseduju S omotač on predstavlja jedini omotač ćelije, odnosno ove vrste ne poseduju ćelijski zid. Osnovna jedinica građe ćelijskog zida, ekvivalent mureina, je pseudomurein koji se još naziva i pseudopeptidoglikan. Ovo jedinjenje je izgrađeno iz dva aminošećera: N-acetil-D-glukozamina i N-acetil-L-talosaminuronske kiseline. Kod nekih vrsta se umesto N-acetil-D-glukozamina javlja N-acetilgalaktozamin. Ova dva šećera su povezana ß (1,3) glikozidnim vezama, pri čemu se na ovom drugom nalazi peptidni lanac izgrađen uvek samo od L-aminokiselina. Kod nekih arhea ćelijski zid može biti izgrađen samo iz polisaharida. Genom metanogene vrste Methanococcus jannaschii koja naseljava termalne vode Pacifika predstavlja najubedljiviji dokaz o filogenetskoj izolovanosti arhea. Naime, 56% gena ove vrste je bilo potpuno novo i do tada nepoznato nauci. Neki geni su ličili na one kod bakterija, dok su drugi podsećali na eukariotske gene što je dalo povoda biolozima da uvide vezu između domena eukariota i arhea. Organizmi iz domena arhea su prvobitno nalaženi u ekstremnim staništima poput termalnih voda, gejzira, veoma slanih jezera i slatina, anaerobnih močvara i podvodnih vulkana. Kada je Vouz 1977. godine objavio otkriće prve vrste arhea izdvojio je novoopisanu vrstu u zasebno carstvo pod nazivom arhebakterije jer je smatrao da su zbog ekstremnih staništa na kojima žive ovi organizmi stariji od bakterija. Međutim, 1990. godine zajedno sa Foksom je preimenovao ove organizme jer se ustanovilo da je naziv neadekvatan. Danas su arhee pronađene i na mnogim uobičajenim staništima, a naročito u vodama okeana.
Klasifikacija: Možemo razlikovati dva carstva u okviru ovog domena:
2. Carstvo Crenarchaea
